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菌肥亦稱生物肥、生物肥料、細菌肥料或接種劑等，但大多數人習慣叫菌肥。確切地說，生物肥料是菌而不是肥，因為它本身并不含有植物成長發育需要的養分元素，而只是含有很多的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改進作物的養分條件。
土壤由礦物質、有機質和微生物三大部分組成，是農作物成長發育的根底。土壤中的有益微生物直接參與土壤中物質和能量的轉化、腐殖質的構成和分解、養分的釋放。氮素的固定等一系列土壤肥力構成和發育進程。選用人為方式向土壤中添加有益微生物數量，就能夠增強土壤中微生物的活性，然后提高土壤的肥力。特別是農作物根際土壤微生態系的微生物活性對植物根部養分則更為重要，因此，在植物根際施用微生物肥料，就可以添加根際土壤中的有益菌的數量和活性，導致土壤肥力的增強。
生物激素影響作物成長。多孢菌菌肥中的微生物，不管在其發酵進程（可理解為微生物的自身繁衍進程），還是在土壤內的生命活動進程中，均會發生很多的赤霉素和細胞激素類等物質，這些物質在植物根系接觸后，會調理作物的推陳出新影響作物的成長，然后使作物發生增產作用。以邪壓正，減輕病害。菌肥中在植物根系很多成長、繁衍，然后構成優勢菌群，這樣就按捺和減少了病原的侵略和繁衍機會，起到了減輕作物病害的成效（可以形象理解為“以邪壓正”了）。影響有機質釋放養分。豐厚的有機質通過微生物活動后，可不斷釋放出植物成長所需要的養分元素，到達肥效耐久的目的。
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