有機肥主要來源于植物和（或）動物，施于土壤以提供植物營養為其主要功能的含碳物料。經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質，包括：多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供很全的營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。

       常見動物源性有機肥原料如下：

       動物糞便：羊糞、豬糞、牛糞等都是比較好的有機肥原料。有機質含量高，但由于纖維含量少不易分解。使用時要經過充分腐熟發酵，高溫殺滅病蟲卵、菌和雜草種子。

       動物加工廢棄物：加工廢棄物，甚至是養殖廢棄物等也能成為有機肥的原料。但是須采用無公害生物降解法。

       工業廢棄物

       工業殘渣：酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣、木質素渣、乙醇渣等此類原料市場規模較大，地域性強，價格低廉，有機質含量高，含水量普遍在60%以上。使用時注意調和pH值、重金屬。

       煙末煙梗：此類物料有機質、養分、糖類都較高，在作為有機肥的主要原料的產品肥力效果好，還有抑制雜菌，抵抗土壤蟲害的效果，價格也較低廉。

       藥渣：藥渣有阿維菌素渣、頭孢渣、泰樂渣、青霉渣，藥渣整體上蛋白等其他養分含量較高，價格屬于中下等，使用后肥力效果較好，能夠抵抗其他有害病菌，但原料流動性較大，穩定貨源較少。

       氨基酸渣：蛋白含量高，多在40%以上，多數有味道也多為濕料，價格中下等，需烘干和晾曬，做成有機肥味道較重，肥力效果好。