1、有機肥類：有機肥料主要有糞肥、綠肥、廄肥、堆肥等。這些肥料含有氮、磷、鉀等多種無機鹽類和蛋白質、脂肪和糖類等有機物質。肥效較好而持久，但施用后見效較慢，所以又稱為“遲效肥料”。但有機肥料在水中會腐爛分解，消耗水中氧氣，放出有毒氣體(硫化二氫、氨、二氧化碳等)對魚類生長會帶來一定的影響，施用時，不宜將大量新鮮的有機肥料直接施入魚池，而應事先將其封閉發酵腐熟后再施為宜。2、無機肥料又稱化學肥料。這類肥料的特點是所含營養成分比較單一，大多數是一種化肥僅含一二種肥分。施入水中易被分解，很快見效，因此又稱其為“速效肥料”。包括有氮肥、磷肥、鉀肥和鈣肥等。3、現在市場上在售的肥料大部分為氨基酸肥水液或肥水膏，或無機肥、有機肥以及益生菌按配比組成的生物菌肥。

（1）在肥水上的應用：腐植酸鈉較早在水產上的應用就是源于其肥料的屬性，但并不是養分的原因。近兩年有人提出其可以補充水體碳源，如果從這個角度上來談，是有一定道理的，因為腐植酸鈉是腐植酸的鈉鹽，腐植酸是一類高分子有機弱酸，是植物殘體腐解后形成的產物，主要由碳、氫、氧、氮等元素組成。（2）凈化水質：因為腐植酸鈉是一種比較穩定的具有芳香結構的天然大分子有機質，由稀疏的芳香環連結一起構成的一張斷斷續續的網，結構中有許多大小不一的空洞孔隙。由于其具有復雜的結構和多種功能團，因而具有很高的反應活性和較強的吸附性能。所以其在實際應用中可以達到凈化水質的效果，但實際的反饋效果來看，粉狀產品比片狀產品來得要快些，主要的原因可能是粉狀產品在水中的沉降速度比片狀產品來得快有關。同時凈化水質的效果可能還有一個方面，一是多孔結構為有益生物提供了良好的繁殖場所；二是腐植酸鈉本身可以釋放初生態氧，從而對某些細菌的生長有抑制作用。

微生物肥料本身一般并不含有作物生長所需要的營養元素，而是通過微生物的生命活動，改善作物營養條件，如固定空氣中的氮素，參與養分的轉化，促進作物對養分的吸收，分泌各種激素刺激作物根系發育，抑制有害微生物的活動等，以達到促進作物生長的目的。微生物肥料的種類很多，按其制品中特定的微生物種類分為細菌肥料、放線菌肥料（如抗生菌類）、真菌類肥料（如菌根真菌類）、固氮藍藻肥料等.根據其作用不同，微生物肥料可分為五大類：1.有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮藍藻肥料等。2.分解土壤有機物的菌肥，包括有機磷細菌肥料和復合細菌肥料。3.分解土壤中難溶性礦物的菌肥，包括硅酸鹽細菌肥料、無機磷細菌肥料等。4.促進作物對 土壤養分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。5.抗病及刺激作物生長的菌肥，包括抗生菌肥、增產菌肥等。

有機肥料是指以有機物為主的自然肥料，多是人和動物的糞便以及動植物殘體，一般分為農家肥、綠肥和腐殖酸肥三類。農家肥是農戶將人畜糞便以及其它原料加工而成的，常見的有廄肥、堆肥、沼氣肥、熏土和草木灰等。收獲植物及其加工殘物也是一類具有較好應用價值的農家肥，其中大豆餅、棉籽餅等餅粕類養分含量比較高，特別是氮都在5%以上。稻草和秸稈養分較低，一般總養分在2--3%。綠肥是利用其植物體的全部或部分作為肥料。常見的綠肥作物有紫云英、苜蓿、豌豆、毛苕子和紫穗槐等。腐植酸類肥料是利用泥炭、褐煤、風化煤等原料加工而成。這類肥料一般含有機質和腐殖酸，氮的含量相對比磷鉀要高，能夠改良土壤，培肥地力，增強作物抗旱能力以及刺激作物生長發育。

1.因地制宜：對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果更明顯。2.因溫制宜：施用菌肥的較好溫度是25℃~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。東北供應高氮高鉀摻混肥價格同時還應掌握固氮菌適宜土壤的含水量是60%~70%。3.因混制宜：注意不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌?；蛘呦仁┚?，隔48小時后，再打藥除草。高氮高鉀摻混肥還應防止與未腐熟的農家肥混肥。4.因量制宜：對于多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因此，其取代量應做到前三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。5.因時制宜：生物菌肥不是快速肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7~10天施用，效果較佳。

微生物菌肥是一種新型肥料。它是針對目前大部分農田土壤中有機質含量低、肥力低、土壤微生物種類和數量減少、土壤自恢復能力減弱、土壤板結等特點，用現代生物工程生產的生物產品。是一種低炭、純天然、無毒、無害、綠色環保的有機微生物菌劑，含有多達十余種活性有益微生物菌。其主要功能和作用是：有助于讓土壤重返自然狀態，具有提高土壤肥力，增加土壤中有益微生物數量及活性，改善土壤活化性狀，調整土壤的PH值平衡，防止土壤板結；提高土壤保肥、保水能力，訊速繁殖形成有益菌群增強作物抗病能力，增加土壤中的有機質，阻止病原菌入侵，減少植物的病蟲害生長。促進農作物生長，提高農作物產量，改善和還原農產品品質等功能。